El mundo está bajo la amenaza de un "Dark Lord" que busca la conquista para gobernar sobre la tierra. A su lado estará un misterioso hechicero llamado Julius, con su propia agenda. El héroe, Dan, un gladiador cuyos padres fueron asesinados por el Dark Lord, está prisionero de él y es obligado a luchar diariamente para su entretenimiento. Un día, el héroe escapa y, por casualidad, escucha los planes de Dark Lord y Julius para obtener el poder del maná. Cuando le descubren, le dan caza y le lanzan a una catarata, dándole así por muerto.
El héroe sobrevive a la caída, salvado de los monstruos por una misteriosa joven, Fuji, e intenta encontrar los objetos mágicos necesarios para derrotar a Julius y el Dark Lord, las Semillas del Árbol de Maná, encontrando a lo largo de su periplo algunas criaturas clásicas de la mitología Final Fantasy, como los Chocobos o los Moguri.
